Государственный музей-заповедник «Ростовский кремль» основан 28 октября (10 ноября) 1883 года.

Музей располагается на территории архитектурного ансамбля бывшего Ростовского архиерейского дома (Ростовского кремля), который сформировался в результате строительной деятельности митрополита Ростовского и Ярославского Ионы III (Сысоевича) в 1670-1680-х годах.

Указом Президента Российской Федерации от 24 января 1995 года № 64 музей-заповедник «Ростовский кремль» включен в государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов России.